Difference between revisions of "Open Babel report"

From Open Babel
Jump to: navigation, search
 
Line 26: Line 26:
 
* Chirality information (including which atoms are chiral)
 
* Chirality information (including which atoms are chiral)
 
* Additional comments in the input file
 
* Additional comments in the input file
 +
 +
==Example File (benzene)==
 +
 +
<pre>
 +
FILENAME: benzene.report
 +
FORMULA: C6H6
 +
MASS: 78.1118
 +
EXACT MASS: 78.0469502
 +
INTERATOMIC DISTANCES
 +
 +
              C  1      C  2      C  3      C  4      C  5      C  6
 +
              ------------------------------------------------------------------
 +
  C  1    0.0000
 +
  C  2    1.3958    0.0000
 +
  C  3    2.4176    1.3958    0.0000
 +
  C  4    2.7916    2.4176    1.3958    0.0000
 +
  C  5    2.4176    2.7916    2.4176    1.3958    0.0000
 +
  C  6    1.3958    2.4176    2.7916    2.4176    1.3958    0.0000
 +
  H  7    1.0846    2.1537    3.4003    3.8761    3.4003    2.1537
 +
  H  8    2.1537    1.0846    2.1537    3.4003    3.8761    3.4003
 +
  H  9    3.4003    2.1537    1.0846    2.1537    3.4003    3.8761
 +
  H  10    3.8761    3.4003    2.1537    1.0846    2.1537    3.4003
 +
  H  11    3.4003    3.8761    3.4003    2.1537    1.0846    2.1537
 +
  H  12    2.1537    3.4003    3.8761    3.4003    2.1537    1.0846
 +
 +
              H  7      H  8      H  9      H  10      H  11      H  12
 +
              ------------------------------------------------------------------
 +
  H  7    0.0000
 +
  H  8    2.4803    0.0000
 +
  H  9    4.2961    2.4804    0.0000
 +
  H  10    4.9607    4.2961    2.4803    0.0000
 +
  H  11    4.2961    4.9607    4.2961    2.4803    0.0000
 +
  H  12    2.4803    4.2961    4.9607    4.2961    2.4804    0.0000
 +
 +
 +
 +
 +
ATOMIC CHARGES
 +
  C  1  -0.1000000000
 +
  C  2  -0.1000000000
 +
  C  3  -0.1000000000
 +
  C  4  -0.1000000000
 +
  C  5  -0.1000000000
 +
  C  6  -0.1000000000
 +
  H  7    0.1000000000
 +
  H  8    0.1000000000
 +
  H  9    0.1000000000
 +
  H  10    0.1000000000
 +
  H  11    0.1000000000
 +
  H  12    0.1000000000
 +
 +
 +
BOND ANGLES
 +
  7    1    2  HC  Car  Car    120.000
 +
  1    2    3  Car  Car  Car    120.000
 +
  1    2    8  Car  Car  HC    120.000
 +
  8    2    3  HC  Car  Car    120.000
 +
  2    3    4  Car  Car  Car    120.000
 +
  2    3    9  Car  Car  HC    120.000
 +
  9    3    4  HC  Car  Car    120.000
 +
  3    4    5  Car  Car  Car    120.000
 +
  3    4  10  Car  Car  HC    120.000
 +
  10    4    5  HC  Car  Car    120.000
 +
  4    5    6  Car  Car  Car    120.000
 +
  4    5  11  Car  Car  HC    120.000
 +
  11    5    6  HC  Car  Car    120.000
 +
  5    6    1  Car  Car  Car    120.000
 +
  5    6  12  Car  Car  HC    120.000
 +
  12    6    1  HC  Car  Car    120.000
 +
  6    1    2  Car  Car  Car    120.000
 +
  6    1    7  Car  Car  HC    120.000
 +
  2    1    7  Car  Car  HC    120.000
 +
  3    2    8  Car  Car  HC    120.000
 +
  4    3    9  Car  Car  HC    120.000
 +
  5    4  10  Car  Car  HC    120.000
 +
  6    5  11  Car  Car  HC    120.000
 +
  1    6  12  Car  Car  HC    120.000
 +
 +
 +
TORSION ANGLES
 +
  6    1    2    3      0.026
 +
  6    1    2    8  -179.974
 +
  7    1    2    3    179.974
 +
  7    1    2    8    -0.026
 +
  1    2    3    4    -0.026
 +
  1    2    3    9  -179.974
 +
  8    2    3    4    179.974
 +
  8    2    3    9      0.026
 +
  2    3    4    5      0.026
 +
  2    3    4  10    179.974
 +
  9    3    4    5    179.974
 +
  9    3    4  10    -0.026
 +
  3    4    5    6    -0.026
 +
  3    4    5  11    179.974
 +
  10    4    5    6  -179.974
 +
  10    4    5  11      0.026
 +
  4    5    6    1      0.026
 +
  4    5    6  12    179.974
 +
  11    5    6    1  -179.974
 +
  11    5    6  12    -0.026
 +
  5    6    1    2    -0.026
 +
  5    6    1    7  -179.974
 +
  12    6    1    2    179.974
 +
  12    6    1    7      0.026
 +
</pre>
  
 
[[Category:Formats]]
 
[[Category:Formats]]

Latest revision as of 14:13, 30 October 2006

Filename Extensions report
Chemical MIME Type Undefined
Specification URL http://openbabel.sourceforge.net/wiki/Open_Babel_report
Import No
Export Yes
Open Babel Version All

Options

             No comments yet

Additional Comments

The report format presents a report of various molecular information, including:

  • Filename / molecule title
  • Molecular formula
  • Mass
  • Exact mass (i.e., for high-resolution mass spectrometry, the mass of the most abundant elements)
  • Total charge (if not electrically neutral)
  • Total spin (if not singlet)
  • Interatomic distances
  • Atomic charges
  • Bond angles
  • Dihedral angles
  • Chirality information (including which atoms are chiral)
  • Additional comments in the input file

Example File (benzene)

FILENAME: benzene.report
FORMULA: C6H6
MASS: 78.1118
EXACT MASS: 78.0469502
INTERATOMIC DISTANCES

              C   1      C   2      C   3      C   4      C   5      C   6
              ------------------------------------------------------------------
   C   1    0.0000 
   C   2    1.3958     0.0000 
   C   3    2.4176     1.3958     0.0000 
   C   4    2.7916     2.4176     1.3958     0.0000 
   C   5    2.4176     2.7916     2.4176     1.3958     0.0000 
   C   6    1.3958     2.4176     2.7916     2.4176     1.3958     0.0000 
   H   7    1.0846     2.1537     3.4003     3.8761     3.4003     2.1537 
   H   8    2.1537     1.0846     2.1537     3.4003     3.8761     3.4003 
   H   9    3.4003     2.1537     1.0846     2.1537     3.4003     3.8761 
   H  10    3.8761     3.4003     2.1537     1.0846     2.1537     3.4003 
   H  11    3.4003     3.8761     3.4003     2.1537     1.0846     2.1537 
   H  12    2.1537     3.4003     3.8761     3.4003     2.1537     1.0846 

              H   7      H   8      H   9      H  10      H  11      H  12
              ------------------------------------------------------------------
   H   7    0.0000 
   H   8    2.4803     0.0000 
   H   9    4.2961     2.4804     0.0000 
   H  10    4.9607     4.2961     2.4803     0.0000 
   H  11    4.2961     4.9607     4.2961     2.4803     0.0000 
   H  12    2.4803     4.2961     4.9607     4.2961     2.4804     0.0000 




ATOMIC CHARGES
   C   1   -0.1000000000
   C   2   -0.1000000000
   C   3   -0.1000000000
   C   4   -0.1000000000
   C   5   -0.1000000000
   C   6   -0.1000000000
   H   7    0.1000000000
   H   8    0.1000000000
   H   9    0.1000000000
   H  10    0.1000000000
   H  11    0.1000000000
   H  12    0.1000000000


BOND ANGLES
   7    1    2   HC  Car  Car    120.000
   1    2    3  Car  Car  Car    120.000
   1    2    8  Car  Car   HC    120.000
   8    2    3   HC  Car  Car    120.000
   2    3    4  Car  Car  Car    120.000
   2    3    9  Car  Car   HC    120.000
   9    3    4   HC  Car  Car    120.000
   3    4    5  Car  Car  Car    120.000
   3    4   10  Car  Car   HC    120.000
  10    4    5   HC  Car  Car    120.000
   4    5    6  Car  Car  Car    120.000
   4    5   11  Car  Car   HC    120.000
  11    5    6   HC  Car  Car    120.000
   5    6    1  Car  Car  Car    120.000
   5    6   12  Car  Car   HC    120.000
  12    6    1   HC  Car  Car    120.000
   6    1    2  Car  Car  Car    120.000
   6    1    7  Car  Car   HC    120.000
   2    1    7  Car  Car   HC    120.000
   3    2    8  Car  Car   HC    120.000
   4    3    9  Car  Car   HC    120.000
   5    4   10  Car  Car   HC    120.000
   6    5   11  Car  Car   HC    120.000
   1    6   12  Car  Car   HC    120.000


TORSION ANGLES
   6    1    2    3      0.026
   6    1    2    8   -179.974
   7    1    2    3    179.974
   7    1    2    8     -0.026
   1    2    3    4     -0.026
   1    2    3    9   -179.974
   8    2    3    4    179.974
   8    2    3    9      0.026
   2    3    4    5      0.026
   2    3    4   10    179.974
   9    3    4    5    179.974
   9    3    4   10     -0.026
   3    4    5    6     -0.026
   3    4    5   11    179.974
  10    4    5    6   -179.974
  10    4    5   11      0.026
   4    5    6    1      0.026
   4    5    6   12    179.974
  11    5    6    1   -179.974
  11    5    6   12     -0.026
   5    6    1    2     -0.026
   5    6    1    7   -179.974
  12    6    1    2    179.974
  12    6    1    7      0.026