- s -

• SaveUniqueRing() : OBRingSearch
• Score() : OBConformerScore , OBEnergyConformerScore , OBRMSDConformerScore
• Search() : OBConformerSearch
• Seed() : OBRandom
• seekoff() : FilteringInputStreambuf< Extractor >
• seekpos() : FilteringInputStreambuf< Extractor >
• SelectRootAtoms() : OBAromaticTyper
• Separate() : OBMol
• Set() : vector3 , OBBond , OBRotor , matrix3x3
• SetAccuracy() : OBSpectrophore
• SetAlias() : AliasData
• SetAliasMode() : OBDepict
• SetAlphaOrbitals() : OBOrbitalData
• SetAngle() : OBTorsion , OBAngle
• SetAntiClockwiseStereo() : OBAtom
• SetAromatic() : OBAtom , OBBond
• SetAromaticCorrected() : OBMol
• SetAromaticPerceived() : OBMol
• SetAtom() : OBExternalBond
• SetAtom4Refs() : OBChiralData
• SetAtomicNum() : OBAtom
• SetAtomID() : OBResidue
• SetAtoms() : OBAngle
• SetAtomTypesPerceived() : OBMol
• SetAttribute() : OBGenericData
• SetAutomaticFormalCharge() : OBMol
• SetAutomaticPartialCharge() : OBMol
• SetAuxConv() : OBConversion
• SetBaseCoordinateSets() : OBRotamerList
• SetBegin() : OBBond
• SetBetaOrbitals() : OBOrbitalData
• SetBit() : OBFingerprint
• SetBitOff() : OBBitVec
• SetBitOn() : OBBitVec
• SetBO() : OBBond
• SetBond() : OBExternalBond , OBRotor
• SetBondColor() : OBDepict
• SetBondLength() : OBDepict
• SetBondOrder() : OBBond
• SetBondSpacing() : OBDepict
• SetBondWidth() : OBDepict
• SetChain() : OBResidue
• SetChainNum() : OBResidue
• SetChainsPerceived() : OBMol
• SetChiral() : OBAtom
• SetChiralityPerceived() : OBMol
• SetClockwiseStereo() : OBAtom
• SetClosure() : OBBond
• SetClosureBondsPerceived() : OBMol
• SetCoeff() : OBNasaThermoData
• SetColor() : AliasData
• SetColumn() : matrix3x3
• SetComment() : OBReaction
• SetConfig() : OBCisTransStereo , OBSquarePlanarStereo , OBTetrahedralStereo
• SetConformer() : OBMol
• SetConformers() : OBForceField , OBMol
• SetConstraints() : OBForceField
• SetConvergence() : OBConformerSearch
• SetCoordinates() : OBForceField , OBMol
• SetCoordPtr() : OBAtom
• SetCorrectedForPH() : OBMol
• SetCurrentCoordinates() : OBRotamerList
• SetData() : OBBase , OBCommentData , OBExternalBondData , OBSetData , OBRingData , OBUnitCell , OBConformerData , OBSymmetryData , OBTorsion , OBTorsionData , OBAngleData , OBSerialNums , OBVibrationData , OBDOSData , OBOrbital , OBElectronicTransitionData , OBRotationData , OBVectorData , OBMatrixData
• SetDelta() : OBRotorRule , OBRotor
• SetDihedralAtoms() : OBRotor
• SetDimension() : OBConformerData , OBMol
• SetDisplacements() : OBConformerData
• SetDown() : OBBond
• SetEDipole() : OBElectronicTransitionData
• SetEfficiency() : OBRateData
• SetElectrostaticCutOff() : OBForceField
• SetEnd() : OBBond
• SetEnergies() : OBConformerData , OBMol
• SetEnergy() : OBMol
• SetEnvironmentVariable() : OBGlobalDataBase
• SetEvalAtoms() : OBRotor , OBRotorList
• SetFactor() : OBFFConstraints
• SetFilename() : OBRotorRules
• SetFillColor() : OBPainter
• SetFilter() : OBConformerSearch
• SetFirstInput() : OBConversion
• SetFixAtom() : OBForceField
• SetFixAtoms() : OBRotorList
• SetFixedAtoms() : OBRotor
• SetFixedBonds() : OBConformerSearch , OBRotor , OBRotorList
• SetFlag() : OBAtom , OBBond , OBMol
• SetFlags() : OBFingerprint , OBMol
• SetFontFamily() : OBDepict , OBPainter
• SetFontSize() : OBDepict , OBPainter
• SetForces() : OBConformerData
• SetFormalCharge() : OBAtom
• SetFormalCharges() : OBForceField
• SetFormula() : OBMol
• SetFromType() : OBTypeTable
• SetGradient() : OBForceField
• SetGridType() : OBProxGrid
• SetHallName() : SpaceGroup
• SetHash() : OBBond
• SetHetAtom() : OBResidue
• SetHiT() : OBNasaThermoData
• SetHMName() : SpaceGroup
• SetHOMO() : OBOrbitalData
• SetHyb() : OBAtom
• SetHybAndGeom() : OBAtom
• SetHybridizationPerceived() : OBMol
• SetHydrogensAdded() : OBMol
• SetId() : OBAtom , OBBond , SpaceGroup
• SetIdx() : OBAtom , OBBond , OBExternalBond , OBResidue , OBRotor
• SetIgnoreAtom() : OBForceField
• SetImplicitValence() : OBAtom
• SetImplicitValencePerceived() : OBMol
• SetInAndOutFormats() : OBConversion
• SetInFormat() : OBConversion
• SetInRing() : OBAtom , OBBond
• SetInStream() : OBConversion
• SetInternalCoord() : OBMol
• SetIsotope() : OBAtom
• SetIsPatternStructure() : OBMol
• SetKDouble() : OBBond
• SetKeepRings() : OBBuilder
• SetKekulePerceived() : OBMol
• SetKSingle() : OBBond
• SetKTriple() : OBBond
• SetLast() : OBConversion
• SetLatticeType() : OBUnitCell
• SetLength() : OBBond
• SetLimits() : OBFloatGrid , OBGridData
• SetLineSearchType() : OBForceField
• SetLocale() : OBLocale
• SetLogFile() : OBForceField
• SetLogLevel() : OBForceField
• SetLoRate() : OBRateData
• SetLoT() : OBNasaThermoData
• SetLSSRPerceived() : OBMol
• SetMaxLogEntries() : OBMessageHandler
• SetMidT() : OBNasaThermoData
• SetMoreFilesToCome() : OBConversion
• SetMutability() : OBConformerSearch
• SetName() : OBResidue
• SetNegativeStereo() : OBAtom
• SetNormalization() : OBSpectrophore
• SetNum() : OBResidue
• SetNumberOfPoints() : OBFloatGrid , OBGridData
• SetNumChildren() : OBConformerSearch
• SetNumConformers() : OBConformerSearch
• SetNumCoords() : OBRotor
• SetNumSymmetries() : OBGridData
• SetOffset() : OBUnitCell
• SetOneObjectOnly() : OBConversion
• SetOpenShell() : OBOrbitalData
• SetOption() : OBDepict
• SetOptions() : OBConversion
• SetOrigin() : OBGenericData
• SetOutFormat() : OBConversion
• SetOutputIndex() : OBConversion
• SetOutputLevel() : OBMessageHandler
• SetOutputStream() : OBMessageHandler
• SetOutStream() : OBConversion
• SetParameterFile() : OBForceField
• SetParent() : OBAtom , OBBond , OBRing
• SetPartialCharge() : OBAtom
• SetPartialCharges() : OBForceField
• SetPartialChargesPerceived() : OBMol
• SetPenColor() : OBPainter
• SetPenWidth() : OBPainter , OBDepict
• SetPhase() : OBNasaThermoData
• SetPointGroup() : OBSymmetryData
• SetPositiveStereo() : OBAtom
• SetQuiet() : OBRotorList
• SetRangeOff() : OBBitVec
• SetRangeOn() : OBBitVec
• SetRate() : OBRateData
• SetReadDirectory() : OBGlobalDataBase
• SetRef() : OBAlign
• SetRefMol() : OBAlign
• SetResidue() : OBAtom
• SetResName() : OBResidueData
• SetResolution() : OBSpectrophore
• SetReversible() : OBReaction
• SetRingAtomsAndBondsPerceived() : OBMol
• SetRingTypesPerceived() : OBMol
• SetRotAtoms() : OBRotor , OBRotorList
• SetRotAtomsByFix() : OBRotorList
• SetRotatoryStrengthsLength() : OBElectronicTransitionData
• SetRotatoryStrengthsVelocity() : OBElectronicTransitionData
• SetRotor() : OBRotor
• SetRow() : matrix3x3
• SetScore() : OBConformerSearch
• SetSerialNum() : OBResidue
• SetSource() : FilteringInputStreambuf< Extractor >
• SetSpaceGroup() : OBUnitCell , OBSymmetryData
• SetSpecified() : OBStereoBase
• SetSpinMultiplicity() : OBAtom
• SetSpinMultiplicityAssigned() : OBMol
• SetSSSRPerceived() : OBMol
• SetStartAndEnd() : OBConversion
• SetStereo() : OBSpectrophore
• SetTarget() : OBAlign
• SetTargetMol() : OBAlign
• SetText() : OBText
• SetTimeout() : OBIsomorphismMapper
• SetTitle() : OBBase , OBMol , OBReaction , OBMol
• SetToAngle() : OBRotor
• SetTorsion() : OBMol
• SetTorsionValues() : OBRotor
• SetTotalCharge() : OBMol
• SetTotalSpinMultiplicity() : OBMol
• SetToType() : OBTypeTable
• SetTransitionState() : OBReaction
• SetTroeParams() : OBRateData
• SetType() : OBAtom , OBRing , OBAtom , OBRing , OBScoreGrid
• SetTypes() : OBForceField
• SetUnit() : OBGridData
• SetUnrestricted() : OBGridData
• Setup() : OBRotamerList , OBProxGrid , OBForceField , OBScoreGrid , OBRotamerList , OBScoreGrid , OBConformerSearch , OBFFConstraints , OBPointGroup , OBScoreGrid , OBRotorList
• SetUp() : OBBond
• Setup() : OBProxGrid , OBForceField
• SetupAtomMatchTable() : OBSmartsMatcher
• SetupCalculations() : OBForceField
• SetUpdateFrequency() : OBForceField
• SetupPointers() : OBForceField , OBFFCalculation3 , OBFFCalculation4 , OBFFCalculation2
• SetupReader() : XMLConversion
• SetupRotMat() : matrix3x3
• SetupWriter() : XMLConversion
• SetVals() : OBFloatGrid
• SetValue() : OBFloatGrid , OBPairData , OBPairTemplate< ValueT > , OBPairData , OBGridData
• SetValues() : GasteigerState , OBGridData
• SetVDWCutOff() : OBForceField
• SetVector() : OBAtom
• SetVelocities() : OBConformerData
• SetVerbose() : OBScoreGrid
• SetWedge() : OBBond
• SetWedgeOrHash() : OBBond
• SetX() : vector3
• SetXAxis() : OBFloatGrid
• SetY() : vector3
• SetYAxis() : OBFloatGrid
• SetZ() : vector3
• SetZAxis() : OBFloatGrid
• Size() : OBRing
• size() : OBAtomClassData
• Size() : OBFFConstraints , OBRotor , OBRotorList
• SkipObjects() : XMLBaseFormat , OBFormat
• SkipXML() : XMLConversion
• Sleep() : DLHandler
• SmallestBondAngle() : OBAtom
• SMARTSError() : OBSmartsPattern
• SMARTSParser() : OBSmartsPattern
• SortByIndex() : OBAngle
• SortRings() : OBRingSearch
• SpaceGroup() : SpaceGroup
• SpecificationURL() : OBFormat
• Sqrt() : OBSqrtTbl
• Start() : OBStopwatch
• start_kekulize() : OBMol
• StartErrorWrap() : OBMessageHandler
• StartLogging() : OBMessageHandler
• SteepestDescent() : OBForceField
• SteepestDescentInitialize() : OBForceField
• SteepestDescentTakeNSteps() : OBForceField
• StopErrorWrap() : OBMessageHandler
• StopLogging() : OBMessageHandler
• StripSalts() : OBMol
• Swap() : OBBuilder
• sync() : FilteringInputStreambuf< Extractor > , obLogBuf
• SystematicRotorSearch() : OBForceField
• SystematicRotorSearchInitialize() : OBForceField
• SystematicRotorSearchNextConformer() : OBForceField