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• Add() : OBAtomClassData , FastSearchIndexer
• AddAgent() : OBReaction
• AddAngleConstraint() : OBFFConstraints
• AddAtom() : OBMol , OBResidue
• AddAtomConstraint() : OBFFConstraints
• AddAtomRef() : OBChiralData
• AddAtomXConstraint() : OBFFConstraints
• AddAtomYConstraint() : OBFFConstraints
• AddAtomZConstraint() : OBFFConstraints
• AddBond() : OBAtom , OBMol
• AddChemObject() : OBConversion
• AddConformer() : OBMol
• AddData() : OBSetData
• AddDistanceConstraint() : OBFFConstraints
• AddGradient() : OBForceField
• AddHydrogens() : OBMol
• AddIgnore() : OBFFConstraints
• AddInterGroup() : OBForceField
• AddInterGroups() : OBForceField
• AddIntraGroup() : OBForceField
• AddNbrs() : OBBuilder
• AddOption() : OBConversion
• AddPolarHydrogens() : OBMol
• AddProduct() : OBReaction
• AddProperties() : OBDescriptor
• AddReactant() : OBReaction
• AddResidue() : OBAtom , OBMol
• AddRingFromClosure() : OBRingSearch
• AddRotamer() : OBRotamerList
• AddRotamers() : OBRotamerList
• AddRotor() : OBRotorKeys
• AddTorsion() : OBTorsion
• AddTorsionConstraint() : OBFFConstraints
• AddTransform() : SpaceGroup
• AliasData() : AliasData
• Align() : OBMol
• Apply() : OBChemTsfm
• AsArray() : vector3
• assign_rules() : patty
• assign_types() : patty
• AssignAromaticFlags() : OBAromaticTyper
• AssignBonds() : OBResidueData
• AssignFunctionalGroupBonds() : OBBondTyper
• AssignHyb() : OBAtomTyper
• AssignImplicitValence() : OBAtomTyper
• AssignPartialCharges() : OBGastChrg
• AssignSeedPartialCharge() : OBPhModel
• AssignSpinMultiplicity() : OBMol
• AssignTorVals() : OBRotorList
• AssignTypes() : OBRingTyper , OBAtomTyper
• AutomaticFormalCharge() : OBMol
• AutomaticPartialCharge() : OBMol
• AverageBondAngle() : OBAtom