- s -

• SaveUniqueRing() : OBRingSearch
• Seed() : OBRandom
• seekoff() : FilteringInputStreambuf
• seekpos() : FilteringInputStreambuf
• SelectRootAtoms() : OBAromaticTyper
• Separate() : OBMol
• Set() : OBRotor , matrix3x3 , vector3 , OBBond
• SetAlias() : AliasData
• SetAngle() : OBTorsion , OBAngle
• SetAntiClockwiseStereo() : OBAtom
• SetAromatic() : OBAtom , OBBond
• SetAromaticCorrected() : OBMol
• SetAromaticPerceived() : OBMol
• SetAtom() : OBExternalBond
• SetAtom4Refs() : OBChiralData
• SetAtomicNum() : OBAtom
• SetAtomID() : OBResidue
• SetAtoms() : OBAngle
• SetAtomTypesPerceived() : OBMol
• SetAttribute() : OBGenericData
• SetAutomaticFormalCharge() : OBMol
• SetAutomaticPartialCharge() : OBMol
• SetAuxConv() : OBConversion
• SetBaseCoordinateSets() : OBRotamerList
• SetBegin() : OBBond
• SetBit() : OBFingerprint
• SetBitOff() : OBBitVec
• SetBitOn() : OBBitVec
• SetBO() : OBBond
• SetBond() : OBExternalBond , OBRotor
• SetBondOrder() : OBBond
• SetChain() : OBResidue
• SetChainNum() : OBResidue
• SetChainsPerceived() : OBMol
• SetChiral() : OBAtom
• SetChiralityPerceived() : OBMol
• SetClockwiseStereo() : OBAtom
• SetClosure() : OBBond
• SetClosureBondsPerceived() : OBMol
• SetCoeff() : OBNasaThermoData
• SetColumn() : matrix3x3
• SetComment() : OBReaction
• SetConformer() : OBMol
• SetConformers() : OBForceField , OBMol
• SetConstraints() : OBForceField
• SetCoordinates() : OBForceField , OBMol
• SetCoordPtr() : OBAtom
• SetCorrectedForPH() : OBMol
• SetCurrentCoordinates() : OBRotamerList
• SetData() : OBBase , OBCommentData , OBExternalBondData , OBSetData , OBRingData , OBUnitCell , OBConformerData , OBSymmetryData , OBTorsion , OBTorsionData , OBAngleData , OBSerialNums , OBVibrationData , OBRotationData , OBVectorData , OBMatrixData
• SetDelta() : OBRotorRule , OBRotor
• SetDihedralAtoms() : OBRotor
• SetDimension() : OBConformerData , OBMol
• SetDisplacements() : OBConformerData
• SetDown() : OBBond
• SetEfficiency() : OBRateData
• SetElectrostaticCutOff() : OBForceField
• SetEnd() : OBBond
• SetEnergies() : OBConformerData , OBMol
• SetEnergy() : OBMol
• SetEnvironmentVariable() : OBGlobalDataBase
• SetEvalAtoms() : OBRotor , OBRotorList
• SetExpandedAtoms() : AliasData
• SetFactor() : OBFFConstraints
• SetFilename() : OBRotorRules
• SetFirstInput() : OBConversion
• SetFixAtom() : OBForceField
• SetFixAtoms() : OBRotorList
• SetFixedAtoms() : OBRotor
• SetFlag() : OBAtom , OBBond , OBMol
• SetFlags() : OBMol
• SetForces() : OBConformerData
• SetFormalCharge() : OBAtom
• SetFormalCharges() : OBForceField
• SetFormula() : OBMol
• SetFromType() : OBTypeTable
• SetGradient() : OBForceField
• SetGridType() : OBProxGrid
• SetHallName() : SpaceGroup
• SetHash() : OBBond
• SetHetAtom() : OBResidue
• SetHiT() : OBNasaThermoData
• SetHMName() : SpaceGroup
• SetHyb() : OBAtom
• SetHybAndGeom() : OBAtom
• SetHybridizationPerceived() : OBMol
• SetHydrogensAdded() : OBMol
• SetId() : SpaceGroup
• SetIdx() : OBAtom , OBBond , OBExternalBond , OBResidue , OBRotor
• SetIgnoreAtom() : OBForceField
• SetImplicitValence() : OBAtom
• SetImplicitValencePerceived() : OBMol
• SetInAndOutFormats() : OBConversion
• SetInFormat() : OBConversion
• SetInRing() : OBAtom , OBBond
• SetInStream() : OBConversion
• SetInternalCoord() : OBMol
• SetIsotope() : OBAtom
• SetKDouble() : OBBond
• SetKekulePerceived() : OBMol
• SetKSingle() : OBBond
• SetKTriple() : OBBond
• SetLast() : OBConversion
• SetLatticeType() : OBUnitCell
• SetLength() : OBBond
• SetLimits() : OBFloatGrid , OBGridData
• SetLineSearchType() : OBForceField
• SetLocale() : OBLocale
• SetLogFile() : OBForceField
• SetLogLevel() : OBForceField
• SetLoRate() : OBRateData
• SetLoT() : OBNasaThermoData
• SetMaxLogEntries() : OBMessageHandler
• SetMidT() : OBNasaThermoData
• SetMoreFilesToCome() : OBConversion
• SetName() : OBResidue
• SetNegativeStereo() : OBAtom
• SetNum() : OBResidue
• SetNumberOfPoints() : OBFloatGrid , OBGridData
• SetNumCoords() : OBRotor
• SetNumSymmetries() : OBGridData
• SetOffset() : OBUnitCell
• SetOneObjectOnly() : OBConversion
• SetOptions() : OBConversion
• SetOrigin() : OBGenericData
• SetOutFormat() : OBConversion
• SetOutputIndex() : OBConversion
• SetOutputLevel() : OBMessageHandler
• SetOutputStream() : OBMessageHandler
• SetOutStream() : OBConversion
• SetParameterFile() : OBForceField
• SetParent() : OBAtom , OBBond , OBRing
• SetPartialCharge() : OBAtom
• SetPartialCharges() : OBForceField
• SetPartialChargesPerceived() : OBMol
• SetPhase() : OBNasaThermoData
• SetPointGroup() : OBSymmetryData
• SetPositiveStereo() : OBAtom
• SetQuiet() : OBRotorList
• SetRangeOff() : OBBitVec
• SetRangeOn() : OBBitVec
• SetRate() : OBRateData
• SetReadDirectory() : OBGlobalDataBase
• SetResidue() : OBAtom
• SetResName() : OBResidueData
• SetReversible() : OBReaction
• SetRingAtomsAndBondsPerceived() : OBMol
• SetRingTypesPerceived() : OBMol
• SetRotAtoms() : OBRotor , OBRotorList
• SetRotAtomsByFix() : OBRotorList
• SetRotor() : OBRotor
• SetRow() : matrix3x3
• SetSerialNum() : OBResidue
• SetSource() : FilteringInputStreambuf
• SetSpaceGroup() : OBUnitCell , OBSymmetryData
• SetSpinMultiplicity() : OBAtom
• SetSpinMultiplicityAssigned() : OBMol
• SetSSSRPerceived() : OBMol
• SetStartAndEnd() : OBConversion
• SetTitle() : OBMol , OBReaction , OBMol
• SetToAngle() : OBRotor
• SetTorsion() : OBMol
• SetTorsionValues() : OBRotor
• SetTotalCharge() : OBMol
• SetTotalSpinMultiplicity() : OBMol
• SetToType() : OBTypeTable
• SetTransitionState() : OBReaction
• SetTroeParams() : OBRateData
• SetType() : OBAtom , OBRing , OBAtom , OBScoreGrid , OBRing
• SetTypes() : OBForceField
• SetUnit() : OBGridData
• SetUnrestricted() : OBGridData
• Setup() : OBScoreGrid , OBRotorList , OBRotamerList , OBScoreGrid , OBProxGrid , OBFFConstraints , OBForceField , OBProxGrid , OBPointGroup , OBRotamerList
• SetUp() : OBBond
• SetupCalculations() : OBForceField
• SetUpdateFrequency() : OBForceField
• SetupPointers() : OBFFCalculation4 , OBFFCalculation2 , OBFFCalculation3 , OBForceField
• SetupReader() : XMLConversion
• SetupRotMat() : matrix3x3
• SetupWriter() : XMLConversion
• SetVals() : OBFloatGrid
• SetValue() : OBPairData , OBPairTemplate , OBFloatGrid , OBPairData , OBGridData
• SetValues() : GasteigerState , OBGridData
• SetVDWCutOff() : OBForceField
• SetVector() : OBAtom
• SetVelocities() : OBConformerData
• SetVerbose() : OBScoreGrid
• SetWedge() : OBBond
• SetX() : vector3
• SetXAxis() : OBFloatGrid
• SetY() : vector3
• SetYAxis() : OBFloatGrid
• SetZ() : vector3
• SetZAxis() : OBFloatGrid
• size() : OBAtomClassData
• Size() : OBRotorList , OBFFConstraints , OBRing , OBRotor
• SkipObjects() : OBFormat , XMLBaseFormat
• SkipXML() : XMLConversion
• Sleep() : DLHandler
• SmallestBondAngle() : OBAtom
• SortByIndex() : OBAngle
• SortRings() : OBRingSearch
• SpaceGroup() : SpaceGroup
• SpecificationURL() : OBFormat
• Sqrt() : OBSqrtTbl
• Start() : OBStopwatch
• start_kekulize() : OBMol
• StartErrorWrap() : OBMessageHandler
• StartLogging() : OBMessageHandler
• SteepestDescent() : OBForceField
• SteepestDescentInitialize() : OBForceField
• SteepestDescentTakeNSteps() : OBForceField
• StopErrorWrap() : OBMessageHandler
• StopLogging() : OBMessageHandler
• StripSalts() : OBMol
• Swap() : OBBuilder
• sync() : FilteringInputStreambuf , obLogBuf
• SystematicRotorSearch() : OBForceField
• SystematicRotorSearchInitialize() : OBForceField
• SystematicRotorSearchNextConformer() : OBForceField